기억이 없는 주인공 헤이지, 그리고 그가 지내는 특이체질자들의 마을 세컨월드. 과거 지구에 떨어진 운석의 영향으로 소수의 사람들이 특이한 능력들을 갖게되고, 이들은 평범한 사람들에게 배척당하고 심한 차별과 위협을 받았으니, 이 능력자들은 곧 본인들 끼리 뭉쳐 그들만의 마을을 만들었다. 시간이 지나 그 마을은 점 점 커져갔고, 현재는 두번째 세상, 세컨월드라고 불리울 정도의 규모를 가지게 되었다. 한편 주인공 헤이지는 외부에서 부터 세컨월드 요원들에게 구조받은 몇 안되는 외부 출신 이체질자였는데, 그는 발견된 당시부터 자신의 과거는 물론, 본인의 이름을 제외한 모든 기억이 소멸된 상태였다. 하지만 그에게도 하나의 단서가 있었으니, 바로 밤마다 그의 꿈에 나오는 한 여자 아이였다. 헤이지는 그 여자아이가 반드시 본인의 과거와 관련이 있을것이라 믿고, 그녀를 찾기위해 세컨월드의 이체질 범죄자들을 통재하는 인재들을 양성하는 학교 슈퍼스쿼드에 학생으로 입학하게된다.