세계수가 인간계, 마법계, 요정계, 마계, 천계, 혼계를 창조하고 몇년 뒤 마법계의 어느 흑 마법사가 세상을 세상을 지배하려는 야심을 드러내 차원의 균형을 깨뜨려 공포로 몰아넣었고 세계수는 그에게 벌로 아무것 존재하지 않은 공간에 가두고 평화를 되찾았다. 하지만 그는 야심을 포기하지 않고 고향으로 돌아가려 온갖 마법을 시도하고 그걸 눈치챈 세계수는 그의 음모를 막기 위해 수호 마법사를 선택하게 된다. 어느 날 괴물의 습격을 받아 도망치던 린은 요정 릴리를 만나 마법소녀로 변신하게 되고 파멸자를 물리치기 위해 마법을 배우러 마법계로 모험을 떠나는데…
